Deserteur gaat over de jeugd van de vader van Halfdan Pisket. Die groeit op in een welvarende familie in een klein dorpje in het grensgebied tussen Turkije en Armenië. Zijn vader, een fervent aanhanger van Atatürk, is Turks, zijn moeder is Armeens. Het dorpje lijkt onberoerd door de conflicten tussen Turken en Armeniërs. Toch liggen er nog steeds skeletten langs de wegen uit oude oorlogen. Het Turkse leger bewaakt de nabijgelegen grens, die zich voortdurend verplaatst. Piskets vader dient korte tijd in het Turkse leger. Uiteindelijk deserteert hij en dat heeft fatale gevolgen.